L’altare laterale della Madonna del Carmine, seppur dal 1886 privo della sacra mensa, è contraddistinto dalla grande nicchia al centro della parete dov’è inclusa la settecentesca statua mariana. La notevole scultura barocca d’autore ignoto, in legno dipinto e dorato, è pure utilizzata per la processione che annualmente si svolge in occasione della festività di Maria Vergine del Carmelo (istituita nel XIII secolo).

Sulla parete laterale a sinistra è visibile la pala seicentesca, d’impianto tardo-manierista, nella quale sono raffigurati la Madonna col Bambino (Madonna del Carmine), i Santi Elia, Simone Stock (?), Francesco d’Assisi e Carlo Borromeo. È opera di un pittore d’ambito del noto Moncalvo (il maestro Guglielmo Caccia, deceduto nel 1625), che l’avrebbe dipinta su tela verso il 1628, l’anno in cui viene ufficialmente riconosciuta la Compagnia di Maria Vergine del Carmine. Originariamente l’opera era collocata sulla mensa su cui si officiava in questo altare laterale.

Sulla parete del lato destro è posizionato un seicentesco dipinto su tela, donato alla chiesa nel 1992. Vi sono raffigurati San Giovanni Battista nel deserto ed un angelo. L’opera è attribuita al lombardo Giuseppe Doneda (o Danedi) detto Montalto (1609 – ca. 1678-1679). Fino al 2003 era conservata in sacrestia.